W HoMM 5 magia odgrywa dużą rolę. Wybór czarów może przesądzić o zwycięstwie lub porażce. Twórcy postarali się połączyć systemy magii z dwóch poprzednich odsłon, a więc mamy do czynienia z czterema szkołami czarów: Światła, Mroku, Zniszczenia, Przywołań. Każdy z bohaterów może się nauczyć zaklęć z każdego z typów magii poziomu 1 i 2. Zaklęcia poziomów 3-5 są dostępne tylko dla tych, którzy opanowali w odpowiednim stopniu daną szkołę. Oprócz tego istnieją jeszcze czary podróżne - aby móc ich używać bohater musi posiadać pewien minimalny poziom doświadczenia. Dwie frakcje posiadają swoje własne systemy czarów, powiązanych z ich umiejętnością rasową – Krasnoludy z Fortecy, a także Orkowie z Twierdzy. Pierwsi z nich dodatkowo używają Runów, zaś Orki zamiast konwencjonalnych czarów mają Okrzyki bojowe.

Nauka magii

Im potężniejsze zaklęcie, tym wyższy jest jego poziom, dlatego czary wysokich poziomów są zastrzeżone dla adeptów wybranej dziedziny. Przykładowo, aby móc używać zaklęć poziomu trzeciego któregoś rodzaju magii, należy opanować na poziomie podstawowym daną szkołę. Dodatkową zaletą rozwijania konkretnej ścieżki magii będzie zwiększenie siły czarów do niej należących. Zaklęć bohaterowie mogą nauczyć się przede wszystkim w Gildii magów, które istnieją w każdym mieście, poza Twierdzą, a także w kaplicach magii (poziomy 1-3). Inną metodą są zwoje i różdżki, choć bohater musi mieć je w ekwipunku. Księgi-artefakty także pozwalają opanować czary. Dzięki nim bohater nie musi rozwijać umiejętności rzucania czarów danej szkoły, by korzystać z zaklęć wysokich poziomów. Zaklęcia można również kupić za zasoby w Tajemnej bibliotece. Niektóre z umiejętności umożliwiają, albo i uczą rzucania dodatkowych czarów.
Barbarzyńcy, którzy nie mogą używać zwykłej magii otrzymują doświadczenie zamiast zaklęć. Wzór przedstawia się następująco: Punkty doświadczenia = Poziom zalkęcia * 1000.

Mana

Stanowi czynnik ekonomiczny w rzucaniu czarów. Zaklęcia mają różną cenę, na ogół rośnie wraz z poziomem zaklęcia, ale jest to jedynie wskazówka, a nie żelazna zasada. U bohaterów o jej poziomie decyduje Wiedza - każdy punkt tego parametru przekłada się na 10 many. Dodatkowo niektóre umiejętności i obiekty zwiększają jej poziom.
Regeneracja wynosi 1 punkt many za punkt Wiedzy i można ją zwiększyć umiejętnością. Spędzenie nocy w mieście z Gildią Magów lub odwiedzenie studnię przywróci bohaterowi 100% punktów many.